En cuanto a los invertebrados se registran tres mil 190 especies, que corresponden al 41.5 por ciento del total nacional. La diversidad florística evidencia al menos siete mil 855 especies, de las cuales seis mil 465 corresponden a plantas vasculares. La diversidad en ecosistemas terrestres y acuáticos también es destacada, reportándose 18 diferentes tipos, muchos de los cuales se encuentran amenazados.
Otros datos describen que 37 variedades de anfibios y cuatro de mamíferos son endémicas de la entidad; al tiempo que se tiene contabilizada la presencia de los seis felinos silvestres de México. Destaca a su vez la anidación de cinco especies de tortuga marina, la presencia de poblaciones naturales de manatí en el Sistema Lagunar de Alvarado, los ríos Papaloapan y Coatzacoalcos, así como mono aullador (Alouatta palliata) en la selva de Los Tuxtlas.
La planicie costera del centro de Veracruz es el sitio de mayor concentración de aves migratorias en el mundo; hasta cinco millones de aves rapaces de 25 especies cruzan el estado durante el otoño. Se han llegado a registrar hasta un millón 200 mil de éstas en un día.
Para la protección y conservación de esta riqueza biológica, Veracruz cuenta con 23 áreas naturales protegidas (ANP) de competencia estatal, que abarcan más de 70 hectáreas e incluyen distintos ecosistemas, como bosque mesófilo de montaña, bosque de pino, encino, selva tropical y manglar. También se encuentran en proceso de decreto otras dos áreas naturales: las dunas de San Isidro, en el municipio de Actopan, y 33 cuerpos lagunares de la zona Veracruz-La Antigua. | 
