Las características fisiográficas de Xalapa han dado lugar al establecimiento de una gran variedad de especies de flora y fauna, propias del bosque mesófilo de montaña y de la selva baja caducifolia, por ello es tan importante preservar nuestro entorno y luchar contra el cambio climático.
En ese sentido, la ciudad cuenta con ocho de las 23 áreas naturales protegidas del estado, y solamente durante la presente administración municipal se ha logrado el nombramiento como ANP del corredor ripario Parque Quetzalapan-Sedeño y del Archipiélago de Bosques y Selvas de la Región de Xalapa y Zona Conurbada.
En estos espacios y otras áreas verdes de la ciudad podemos encontrar especies vegetales típicas del bosque mesófilo de montaña, como son ilites, liquidámbares magnolias, pinos, encinos candicans, duela y jalapensis, olmo mexicano, capulín, cedro blanco y hayas. En el este de la ciudad, donde el ecosistema propio es la selva baja caducifolia, están presentes tepeguajes, anonas, marangolas, sangregados, jonotes, jinicuiles, chalahuites, guajes, aguacates, palos blancos e izotes.
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Por otra parte, las principales especies de vegetación acuática que se localizan en el municipio de Xalapa son el zacate de piña, diferentes tipos de papiro, lirios de agua, platanillos, juncus effusus, polygonum punctatum, sabazia sarmentosa, Typha dominguensis y Pontederia sagitatta.
Cabe destacar que la fauna está estrechamente asociada con la vegetación y constituye un elemento, tanto estético como ecológico, importante en el paisaje, debido a la propagación de semillas, función que en algunos casos es decisiva para la restauración de zonas degradadas.
En los alrededores de la ciudad de Xalapa la avifauna es rica en especies debido a la existencia de agrosistemas cafetaleros, así como a la superficie de la vegetación. Solamente en la ciudad, González-García reconoció 116 especies en ocho áreas verdes públicas urbanas, entre las que destacan palomas domésticas, gorriones y tordos, así como un elevado porcentaje de aves migratorias.
Asimismo, se han registrado al menos 16 especies de anfibios y 19 de reptiles, y la presencia de 27 especies de mamíferos, entre las que destacan el tlacuache, la tuza y el murciélago.
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