Duarte es acusado de cinco delitos: abuso de autoridad, tráfico de influencias, incumplimiento de un deber legal, peculado y coalición.
Las autoridades señalan, en la primera de las indagatorias, que siendo gobernador constitucional ordenó a Mauricio Audirac en septiembre de 2014, solicitar a su vez a Francisco Valencia García la transferencia de 220 millones de pesos de fondos de la Comisión del Agua del Estado de Veracruz (CAEV).
La Fiscalía General del Estado aportó como datos de prueba diversos oficios donde Mauricio Audirac Murillo y Carlos Aguirre, ambos ex funcionarios de la Secretaría de Finanzas y Planeación (Sefiplan) solicitan los fondos federales en calidad de préstamo.
Derivado de esto, Francisco Valencia giró a otros colaboradores, especialmente a Noé Rodrigo Hernández Hernández, subdirector administrativo de la CAEV que cumpliera la orden que llegó a la Comisión con fecha 26 de septiembre de 2014.
Dicho monto, que fue facilitado en siete transferencias; tres el 29 de septiembre, por 30, 100 y 20 millones de pesos; y cuatro el 28 de noviembre por 40, 10, 10 y 10 millones de pesos, fue solicitado para su devolución en siete ocasiones mediante oficios de CAEV a la Sefiplan.
La CAEV reprochaba a Audirac y luego a Antonio Gómez Pelegrín, que por la omisión en la devolución del recurso 97 obras no pudieron ser concluidas.
En el otro proceso penal, que comparte con Flavino Ríos Alvarado, se le acusa de haber usado recursos públicos para salir de Xalapa, cuando ya no era gobernador del estado, en contubernio con Ríos.
Además, de haber incurrido en un incumplimiento de un deber legal al no haber realizado la entrega recepción que por ley debía realizar tras pedir licencia.
En el primer caso, se le acusó que el 14 de octubre de 2014 solicitó a Ricardo Casanova Morales una aeronave para ir del Agrocentro a Veracruz, y este se la autorizó sin tener facultades para ello.
Tras haber abordado dicha aeronave, solicitó cambiar la ruta a Coatzacoalcos, donde aterrizó en el Centro de Convenciones, abordó un vehículo con una persona no identificada y se le perdió la pista.
Para el segundo caso, la Fiscalía acusó que Duarte no rindió cuentas de la manera en la que dejaba al estado al pedir licencia. | 
