Desde 2013, la Unidad de Inteligencia Financiera (UIF) de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público (SHCP) detectó operaciones irregulares por 422 millones de pesos.
Pero fue hasta 2011 que la FGR logró acreditar operaciones ilícitas al interior de Cooperativa La Cruz Azul.
De acuerdo con las indagatorias, de 2011 a 2017 se crearon una estructura y se distribuyeron funciones para ocultar los recursos enviados desde la Cooperativa a Empresas Facturadoras de Operaciones Simuladas (EFOS) bajo la simulación de que eran operaciones comerciales o la prestación de servicios inexistentes.
También se giraron órdenes de aprehensión contra los directivos de Cruz Azul, Víctor Manuel Garcés, Miguel Eduardo Borrell y Mario Sánchez Álvarez. Asimismo contra Ángel Martín Junquera Sepúlveda, asesor jurídico externo de la Cooperativa.
Entre los testigos clave para revelar las operaciones ilícitas de las que se acusa a Billy Álvarez destaca su hermano José Alfredo Álvarez, quien se apegaría a un criterio de oportunidad para fungir como testigo colaborador de la FGR.
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